Die Taufkirche liegt im Unterbau des Doms und wurde im Jahre 1316 als Stütze für die Domerweiterung errichtet. Das Baptisterium ist in seinem Stil dem Dom ähnlich. Drei Portale führen in das Innere mit Kreuzgewölbe. Die Fresken in der Apsis und im Gewölbe stammen aus dem 16. Jahrhundert und wurden von Il Vecchietto und seinen Schülern erstellt. Die schöne, aber unvollständige Fassade, wurde von Giovanni di Mino del Pellicciaio 1382 entworfen.

Das unbestrittene Prunkstück des Baptisteriums ist das sechseckige Taufbecken mit dem Mamorziborium, das 1417 Jacopo della Quercia entwarf. Die 6 vergoldeten Bronzerelieftafeln, die das Becken umgeben und das Leben Johannes des Täufers erzählen, haben mehrere Künstler geschaffen. Von Ghiberti sind die Tafeln mit der Taufe Christi und der Festnahme Johannes des Täufers, während Donatello 1427 mit der Darstellung 'Gelage des Herodes' ein großartiges Werk der neuen Renaissancekunst schuf. Die Marmorstatue des Täufers auf dem Ziborium sowie fünf Prophetenstatuen in den Nischen stammen von Jacopo della Quercia, drei Bronzeengel von Donatello und ein vierter ist das Werk des Sieneser Bildhauers Giovanni di Turino.

Viele weitere Kunstwerke, Originale und Dombaupläne sind im Museo dell'Opera Metropolitana untergebracht und dort zu bestaunen.